يتطلب اختيار الفاصل المغناطيسي المناسب النظر في عوامل متعددة، بما في ذلك خصائص المواد، وقدرة المعالجة، ودقة الفصل، وبيئة التشغيل. على سبيل المثال، بالنسبة للمواد المغناطيسية ذات الحبيبات الدقيقة-، يجب تحديد فاصل مغناطيسي ذو قوة مجال مغناطيسي عالية وتدرج كبير؛ بالنسبة للتطبيقات ذات أحجام المعالجة الكبيرة، يجب اختيار هيكل مدمج وقدرة معالجة عالية.
صيانة الفاصل المغناطيسي لا تقل أهمية. إن التنظيف المنتظم للحطام والغبار داخل الفاصل، والتحقق من قوة وانتظام المجال المغناطيسي، واستبدال الأجزاء البالية على الفور، كلها أمور أساسية لضمان التشغيل المستقر-على المدى الطويل للفاصل المغناطيسي.
